Последние два сезона сложились непросто для Милитао: он получил два подряд разрыва крестообразных связок, каждая из которых требовала операции и длительного срока восстановления. После возвращения и обретения физической формы 27-летний защитник вернул себе место в основном составе и был вызван в сборную Бразилии на матчи с Южной Кореей и Японией.
Перед матчем с Южной Кореей Милитао рассказал о пережитом:
«После второй травмы (правое колено) в голове прошло много мыслей. Я думал о завершении карьеры, потому что это непросто, но с поддержкой жены, дочери и партнёров по команде я здесь и готов играть», — цитирует Милитао издание AS.
Он добавил:
«Это были тяжёлые два года с двумя очень сложными травмами. С второй травмой справляешься иначе, потому что уже знаешь процесс. Это непросто. Нужно быть очень близким с семьёй, с Богом… Привычная рутина исчезает: тренировки, личная жизнь. Вдруг ты дома, зависишь от помощи других. Слава Богу, я восстановился и вернулся на высший уровень».
12 августа 2023 года Милитао порвал крестообразную связку левого колена в матче «Реала» с «Атлетиком». В ноябре 2024 года он получил полный разрыв передней крестообразной связки правого колена с повреждением обоих менисков. Эти травмы оставили его без футбола почти на два сезона. Всего игрок пропустил 438 дней и 94 матча за «Реал Мадрид».